Lo Spedale della Misericordia venne fondato all'inizio del Duecento per accogliere i malati e gli orfani. Nel corso dei secoli il complesso si arricchì con la Chiesa di San Barnaba (XIII secolo), il Pellegrinaio Nuovo fondato nel 1335 e destinato ad infermeria degli Uomini, da cui proviene il sontuoso polittico di Giovanni da Milano oggi tra i capolavori della collezione del Museo, e il Palazzo degli Spedalinghi (inizi del XVI secolo), dove si può ammirare il Giudizio Universale dipinto da Bonaccorso di Cino (1345).
Nella prima metà del secolo XVI, in seguito al saccheggio di Prato da parte delle truppe spagnole (1512) e ad una grave epidemia di peste (1526), l'ospedale e gli altri tre luoghi pii furono chiusi per ordine del Granduca Cosimo I de' Medici. Dopo molte vicende, l'ospedale fu riaperto nel giugno 1545, unito a quello del Dolce. Nello stesso periodo fu fondata una spezieria destinata a seguire le vicende dell'Istituto stesso. In seguito l'istituzione accrebbe notevolmente il proprio patrimonio, incamerando i beni di altri istituti, alcuni dei quali molto importanti, come lo Spedale di Altopascio, e i lasciti di numerose famiglie, continuando a svolgere l'importante ruolo di assistenza ai neonati abbandonati (gettatelli) e le fanciulle. Nel 1783 il Granduca Pietro Leopoldo di Lorena vi unì anche i beni del soppresso monastero di Santa Caterina. Dal 1897 al 1933 avvenne la consegna graduale del patrimonio artistico dell'Ospedale al Comune di Prato, oggi in parte esposto nel Museo di Palazzo Pretorio.
Lo Spedale della Misericordia venne fondato all'inizio del Duecento per accogliere i malati e gli orfani. Nel corso dei secoli il complesso si arricchì con la Chiesa di San Barnaba (XIII secolo), il Pellegrinaio Nuovo fondato nel 1335 e destinato ad infermeria degli Uomini, da cui proviene il sontuoso polittico di Giovanni da Milano oggi tra i capolavori della collezione del Museo, e il Palazzo degli Spedalinghi (inizi del XVI secolo), dove si può ammirare il Giudizio Universale dipinto da Bonaccorso di Cino (1345).
Nella prima metà del secolo XVI, in seguito al saccheggio di Prato da parte delle truppe spagnole (1512) e ad una grave epidemia di peste (1526), l'ospedale e gli altri tre luoghi pii furono chiusi per ordine del Granduca Cosimo I de' Medici. Dopo molte vicende, l'ospedale fu riaperto nel giugno 1545, unito a quello del Dolce. Nello stesso periodo fu fondata una spezieria destinata a seguire le vicende dell'Istituto stesso. In seguito l'istituzione accrebbe notevolmente il proprio patrimonio, incamerando i beni di altri istituti, alcuni dei quali molto importanti, come lo Spedale di Altopascio, e i lasciti di numerose famiglie, continuando a svolgere l'importante ruolo di assistenza ai neonati abbandonati (gettatelli) e le fanciulle. Nel 1783 il Granduca Pietro Leopoldo di Lorena vi unì anche i beni del soppresso monastero di Santa Caterina. Dal 1897 al 1933 avvenne la consegna graduale del patrimonio artistico dell'Ospedale al Comune di Prato, oggi in parte esposto nel Museo di Palazzo Pretorio.